MolView comparé à ChemDraw, Avogadro, PyMOL et Jmol| MolView | ChemDraw | Avogadro | PyMOL | Jmol |
|---|
| Portée et utilisation typique : MolView combine un outil de dessin de formules structurales avec une visionneuse 3D intégrée au navigateur. Il est principalement destiné aux petites molécules organiques et à l'éducation, et affiche également des protéines et des cristaux issus de bases de données publiques. | Portée et utilisation typique : ChemDraw est une application de dessin de structures commercialisée par Revvity Signals. Une version cloud plus récente, ChemDraw+, permet de dessiner des molécules de toutes tailles au sein de la plateforme de recherche Signals. | Portée et utilisation typique : Avogadro 2 est un éditeur moléculaire avancé destiné à la chimie computationnelle, à la modélisation moléculaire, à la bioinformatique et à la science des matériaux. Il est conçu pour la préparation et l'optimisation des structures plutôt que pour la consultation rapide. | Portée et utilisation typique : PyMOL est un logiciel de visualisation moléculaire initialement développé par Warren DeLano et désormais maintenu par Schrödinger. Il est largement utilisé pour l'affichage et le rendu de structures biomoléculaires. | Portée et utilisation typique : Jmol est un visualiseur de structures moléculaires destiné aux étudiants, aux enseignants et aux chercheurs en chimie et en biochimie. Il permet de visualiser les mailles élémentaires, les opérations de symétrie, les orbitales, les surfaces et les vibrations. |
| Sources et formats des données : MolView effectue des recherches dans PubChem, la RCSB Protein Data Bank, la Crystallography Open Database et NIST WebBook. Il exporte des images PNG, des fichiers MOL, PDB et CIF, ainsi que des spectres JCAMP-DX. | | Sources et formats des données : Avogadro 2 prend en charge divers formats de données chimiques et modules externes. Il intègre un générateur d'entrée ORCA et un protocole plus rapide pour les modèles énergétiques externes, notamment les potentiels d'apprentissage automatique et XTB. | | Sources et formats des données : Jmol lit les fichiers MOL, V3000, SDF, CIF, mmCIF, CML, PDB, plusieurs variantes XYZ, MOL2 et les résultats de codes de chimie quantique tels que Gaussian, GAMESS et NWChem. Il exporte aux formats JPG, PNG, PDF, POV-Ray, VRML, X3D et STL. |
| Modèle de licence et de coût : MolView a débuté comme un projet open source. L'application actuelle, développée depuis 2024, propose des fonctionnalités premium via un abonnement, tandis que l'ancienne application est obsolète mais toujours disponible. | Modèle de licence et de coût : ChemDraw est un logiciel commercial. Signals ChemDraw nécessite une licence active via la plateforme de recherche Signals, et l'achat se fait par l'intermédiaire du gestionnaire de compte fournisseur. | Modèle de licence et de coût : Avogadro 2 est un logiciel libre sous licence BSD à 3 clauses et son utilisation est gratuite. | Modèle de licence et de coût : PyMOL est un logiciel libre publié par Schrödinger sous une licence de type BSD. Une version commerciale, Incentive PyMOL, propose la maintenance et le support via pymol.org. | Modèle de licence et de coût : Jmol est un logiciel libre et open source distribué sous la licence publique générale limitée GNU (LGPL). |
| Plateforme et installation : MolView fonctionne dans un navigateur web grâce à WebGL et HTML5 ; aucune installation n’est donc requise. L’ancienne application reste disponible, principalement pour ses calculs de surface basés sur Jmol. | Plateforme et installation : ChemDraw 23.0 pour ordinateur fonctionne sous Windows 10 et 11 (64 bits) et macOS. La licence s'obtient par connexion à Signals, avec possibilité de travailler hors ligne pendant 30 jours après l'authentification. | Plateforme et installation : Avogadro 2 est une application de bureau disponible pour Linux, macOS et Windows. | Plateforme et installation : La distribution SBGrid propose des versions de PyMOL pour Linux 64 bits et macOS. Le code source ouvert est principalement écrit en C++ et en Python. | Plateforme et installation : Jmol fonctionne sous Windows, macOS et Linux sous le nom de Jmol.jar, qui nécessite Java. JSmol est la version HTML5 et JavaScript compatible avec les principaux navigateurs et ne nécessitant pas Java. |
| Programmation et extensibilité : MolView propose un lien vers la structure actuelle et le code d'intégration du modèle 3D. Il s'appuie sur les composants Web Ketcher, GLmol, JSmol et ChemDoodle. | Programmation et extensibilité : ChemDraw Desktop ajoute un accès par menu et barre d'outils aux applications Signals sous licence et permet d'ouvrir et d'enregistrer des dessins sur la plateforme Signals. | Programmation et extensibilité : Avogadro 2 dispose d'un système de plugins comprenant plus de 20 plugins et un mode de dynamique moléculaire simple dans son outil AutoOpt. | Programmation et extensibilité : Python est un élément essentiel du projet PyMOL, et un plugin APBS pour l'électrostatique est inclus dans l'installation de SBGrid. | Programmation et extensibilité : Jmol prend en charge les langages de script RasMol et Chime ainsi qu'une bibliothèque JavaScript pour l'intégration. |
