MolViewをChemDraw、Avogadro、PyMOL、Jmolと比較| MolView | ChemDraw | アボガドロ | PyMOL | Jmol |
|---|
| 適用範囲と一般的な使用例: MolViewは、構造式スケッチツールと3Dビューアをブラウザ上で統合したツールです。小型有機分子と教育に重点を置いているとされていますが、公開データベースから取得したタンパク質や結晶も表示できます。 | 適用範囲と一般的な使用例: ChemDrawは、Revvity Signals社が販売する構造描画アプリケーションです。より新しいクラウド版であるChemDraw+は、Signals Research Platform内で小分子から高分子までを描画できます。 | 適用範囲と一般的な使用例: Avogadro 2は、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学を対象とした高度な分子エディタです。素早い検索よりも、構造の準備と最適化を目的として設計されています。 | 適用範囲と一般的な使用例: PyMOLは、元々はウォーレン・デラノによって開発され、現在はシュレーディンガー社によってメンテナンスされている分子可視化パッケージです。生体分子構造の表示やレンダリングに広く利用されています。 | 適用範囲と一般的な使用例: Jmolは、化学および生化学分野の学生、教育者、研究者を対象とした分子構造ビューアです。単位格子、対称操作、軌道、表面、振動などを扱います。 |
| データソースとフォーマット: MolViewは、PubChem、RCSBタンパク質データバンク、結晶構造オープンデータベース、およびNIST WebBookスペクトルを検索します。PNG画像、MOL、PDB、CIFファイル、およびJCAMP-DXスペクトルをエクスポートします。 | | データソースとフォーマット: Avogadro 2は、さまざまな化学データ形式と外部パッケージをサポートしています。ORCA入力ジェネレーターや、機械学習ポテンシャルやXTBなどの外部エネルギーモデル用の高速プロトコルも搭載しています。 | | データソースとフォーマット: Jmolは、MOL、V3000、SDF、CIF、mmCIF、CML、PDB、複数のXYZバリアント、MOL2、およびGaussian、GAMESS、NWChemなどの量子化学コードの出力を読み込みます。出力形式はJPG、PNG、PDF、POV-Ray、VRML、X3D、STLです。 |
| ライセンスとコストモデル: MolViewはオープンソースプロジェクトとして始まりました。2024年から開発されている現在のアプリは、サブスクリプションを通じてプレミアム機能を提供しており、旧アプリは非推奨となっていますが、引き続き利用可能です。 | ライセンスとコストモデル: ChemDrawは商用ソフトウェアです。Signals ChemDrawを使用するには、Signals Research Platformを通じた有効なライセンスが必要であり、購入はベンダーのアカウントマネージャーを通して行います。 | ライセンスとコストモデル: Avogadro 2は、3条項BSDライセンスに基づくオープンソースソフトウェアであり、無料で利用できます。 | ライセンスとコストモデル: PyMOLは、Schrödinger社がBSDライセンスに類似したライセンスで公開しているオープンソースの基盤を持っています。商用版であるIncentive PyMOLは、pymol.orgを通じてメンテナンスとサポートを提供しています。 | ライセンスとコストモデル: Jmolは、GNU Lesser General Public Licenseの下で提供される、無料のオープンソースソフトウェアです。 |
| プラットフォームとインストール: MolViewはWebGLとHTML5を使用してWebブラウザ上で動作するため、何もインストールする必要はありません。旧アプリは主にJmolベースの表面計算のために引き続き利用可能です。 | プラットフォームとインストール: ChemDraw 23.0デスクトップ版は、64ビット版Windows 10および11、ならびにmacOSで動作します。ライセンス認証はSignalsへのログインで行われ、認証後最大30日間はオフラインでの作業が可能です。 | プラットフォームとインストール: Avogadro 2は、Linux、macOS、Windows向けにビルドされたデスクトップアプリケーションです。 | プラットフォームとインストール: SBGridの配布パッケージには、64ビット版LinuxとmacOS向けのPyMOLビルドが含まれています。オープンソースコードは主にC++とPythonで記述されています。 | プラットフォームとインストール: JmolはWindows、macOS、Linux上でJmol.jarとして動作し、Javaが必要です。JSmolはHTML5とJavaScript版で、Javaなしで主要なブラウザで動作します。 |
| スクリプト作成と拡張性: MolViewは、現在の構造へのリンクと3Dモデルの埋め込みコードを提供します。Ketcher、GLmol、JSmol、およびChemDoodle Web Componentsを基盤として構築されています。 | スクリプト作成と拡張性: ChemDrawデスクトップ版は、ライセンスされたSignalsアプリへのメニューとツールバーからのアクセスを追加し、Signalsプラットフォーム内で図面を開いたり保存したりすることができます。 | スクリプト作成と拡張性: Avogadro 2は、20種類以上のプラグインを備えたプラグインシステムと、AutoOptツールにシンプルな分子動力学モードを搭載しています。 | スクリプト作成と拡張性: PythonはPyMOLプロジェクトの中核を成す部分であり、静電気学用のAPBSプラグインはSBGridのインストールに含まれています。 | スクリプト作成と拡張性: Jmolは、RasMolおよびChimeスクリプト言語と、埋め込み用のJavaScriptライブラリをサポートしています。 |