Product Design, Manufacturing & Innovation Resources
بيت » النمط المجاور للفاصل الأولي (PAM)

النمط المجاور للفاصل الأولي (PAM)

2008
  • Luciano Marraffini
  • Erik Sontheimer
Molecular biologist analyzing DNA sequence with focus on Protospacer Adjacent Motif in a laboratory.

(صورة توضيحية فقط)

النمط المجاور للبروتوسبيسر (PAM) هو تسلسل DNA قصير ومحدد، يتراوح طوله عادةً بين 2 و6 أزواج قاعدية، وهو ضروري لكي يرتبط إنزيم Cas النيوكليازي بتسلسل DNA المستهدف ويقطعه. يقع هذا النمط مباشرةً بعد موقع الهدف (البروتوسبيسر) في DNA الغازي. لا يوجد النمط PAM في الحمض النووي الخاص بالخلية المضيفة. CRISPR locus, which serves as a critical self-versus-non-self recognition mechanism, preventing autoimmune destruction.

كان اكتشاف النمط المجاور للبروتوسبيسر (PAM) لحظةً محوريةً في فهم كيفية عمل نظام CRISPR-Cas بهذه الدقة. لاحظ الباحثون أنه لكي يستهدف النظام الحمض النووي الغريب ويقطعه بنجاح، يجب أن يكون هناك تسلسل قصير محدد بجوار التسلسل المستهدف (البروتوسبيسر). بالنسبة لبروتين Cas9 واسع الاستخدام من *Streptococcus pyogenes*، يكون هذا التسلسل 5'-NGG-3'، حيث يمكن أن يكون 'N' أي نيوكليوتيد. يقوم بروتين Cas9، المحمل بـ RNA الدليل الخاص به، بمسح الحمض النووي بحثًا عن تسلسل PAM هذا. فقط عند ارتباطه بـ PAM، يحاول البروتين فك الحمض النووي المجاور واختبار تطابقه مع تسلسل RNA الدليل الخاص به. إذا تم العثور على تطابق، يتم تنشيط نطاقات النيوكلياز في Cas9 لإحداث قطع مزدوج في الحمض النووي.

This PAM-dependent targeting mechanism is the key to how the system avoids attacking the bacterium’s own genome. The CRISPR array, from which the guide RNAs are derived, contains the same spacer sequences as the targets. However, the repeat sequences within the CRISPR array do not contain the PAM sequence. Consequently, the Cas9-gRNA complex cannot bind stably to the CRISPR locus itself, preventing an autoimmune catastrophe. This elegant solution for self/non-self discrimination is a hallmark of the system’s efficiency. For gene editing applications, the PAM requirement is a double-edged sword: it ensures specificity but also constrains the set of possible target sites in a genome. This has driven significant research into discovering or engineering Cas variants with different, more flexible, or even non-existent PAM requirements to make any part of the genome accessible to editing.

UNESCO Nomenclature: 2417
علم الأحياء الجزيئي

يكتب

الآلية الكيميائية الحيوية

خلل

Substantial

الاستخدام

استخدام واسع النطاق

مقدمات

  • توصيف crispr-cas9 مكونات النظام
  • فهم تفاعلات ربط البروتين بالحمض النووي وخصوصيتها
  • فرضية كريسبر كجهاز مناعي يستهدف الحمض النووي
  • اختبارات في المختبر لاختبار نشاط بروتين CAS على ركائز مختلفة من الحمض النووي

التطبيقات

  • قاعدة حاسمة لتصميم الحمض النووي الريبوزي الدليلي في تحرير الجينات باستخدام CRISPR-Cas9
  • تمكين التنبؤ بالمواقع المحتملة غير المستهدفة في الجينوم
  • هندسة بروتينات CAS بخصائص PAM معدلة لتوسيع نطاق المواقع الجينومية القابلة للتعديل
  • أساس لتطوير متغيرات cas9 عالية الدقة التي تقلل من التأثيرات غير المستهدفة

براءات الاختراع:

NA

أفكار ابتكارية محتملة

  • developing ‘pam-less’ cas nucleases through directed evolution for unrestricted genome editing
  • إنشاء أداة تشخيصية يتم تنشيطها فقط عند اكتشاف تسلسل PAM الخاص بالممرض
  • تصميم نظام تخزين بيانات الحمض النووي حيث يعمل تسلسل PAM كرأس ملف أو علامة فهرس
  • هندسة بروتينات CAS التي تتعرف على الحمض النووي الميثيلي باعتباره PAM، مما يسمح بالتحرير المحدد للجينوم
  • creating a ‘pam-lock’ system where a therapeutic gene is only activated in cells containing a viral pam sequence
  • تطوير مكتبة من أزواج كاس-بام المتعامدة للتنظيم المعقد متعدد الجينات في الكائنات الحية الاصطناعية
  • using pam-binding domains as dna ‘stains’ for super-resolution microscopy of genomic regions
  • إنشاء نظام يتم فيه تنشيط التعرف على PAM بالضوء، مما يوفر التحكم الزماني المكاني في تحرير الجينات
  • engineering a cas protein that leaves a permanent ‘scar’ at the pam site after binding, creating a molecular event recorder
  • تصميم أداة حسابية للتنبؤ بتطور تسلسلات PAM الفيروسية أثناء هروبها من ضغط Crispr
ذات صلة بـ: PAM، النمط المجاور للبروتوسبيسر، cas9، التعرف الذاتي، استهداف الحمض النووي، تحرير الجينات، s. pyogenes، خارج الهدف، الكيمياء الحيوية، NGG.

السياق التاريخي

النمط المجاور للفاصل الأولي (PAM)

1990
1997
2000
2008
1990
1990
1997
2000

(إذا كان التاريخ غير معروف أو غير ذي صلة، على سبيل المثال "ميكانيكا الموائع"، يتم توفير تقدير تقريبي لظهوره الملحوظ)

أحدث الإضافات

أهم المنشورات والمقالات

أفضل الأدوات الأصلية

السنة العاشرة عيد

الصور والتنزيلات بالحجم الكامل متاحة فقط، ومجانية تمامًا، للأعضاء المسجلين.