L'omologia profonda descrive i casi in cui caratteristiche morfologicamente disparate in specie diverse, a lungo considerate analoghe, risultano essere controllate dagli stessi geni conservati, che costituiscono il cosiddetto "kit di strumenti". Un esempio classico è il gene PAX6, che avvia lo sviluppo degli occhi in specie diverse come topi e moscerini della frutta, nonostante i loro occhi presentino strutture molto diverse e origini evolutive indipendenti.





