L'homologie profonde décrit les cas où des caractéristiques morphologiquement disparates chez différentes espèces, longtemps considérées comme analogues, sont en réalité contrôlées par les mêmes gènes conservés, constituant une « boîte à outils » génétique. Un exemple classique est le gène PAX6, qui initie le développement de l'œil chez des espèces aussi différentes que la souris et la drosophile, malgré des yeux aux structures très différentes et des origines évolutives indépendantes.





