बायोइन्फॉर्मेटिक्स के लिए डेटा संरचनाएं, एल्गोरिदम और शैक्षिक संसाधन प्रदान करने वाला एक ओपन-सोर्स, बीएसडी-लाइसेंस प्राप्त पायथन पैकेज।
स्किकिट-बायो
- पायथन
- बायोइन्फॉर्मेटिक्स, डेटा एनालिटिक्स, पारिस्थितिकी और स्थिरता, गणित
- जीव विज्ञान, पारिस्थितिकी, मशीन लर्निंग, सांख्यिकीय विश्लेषण, सांख्यिकीय परीक्षण
विशेषताएँ:
- अनुक्रम संरेखण (स्थानीय, वैश्विक, स्मिथ-वाटरमैन, नीडलमैन-वुन्श), फाइलोजेनेटिक ट्री निर्माण और हेरफेर, विविधता गणना (अल्फा और बीटा विविधता), क्रम निर्धारण विधियाँ (PCoA, RDA), सूक्ष्मजीव पारिस्थितिकी विश्लेषण (जैसे, UniFrac), जैवसूचना विज्ञान के लिए सांख्यिकीय विधियाँ, जैविक अनुक्रम निरूपण, ट्री डेटा संरचनाएँ
मूल्य निर्धारण:
- मुफ़्त
- यह कई तरह के मुख्य बायोइन्फॉर्मेटिक्स एल्गोरिदम और डेटा संरचनाएं प्रदान करता है, जो माइक्रोबियल इकोलॉजी और फाइलोजेनेटिक विश्लेषण के लिए उपयुक्त हैं, QIIME के साथ एकीकृत होते हैं, ओपन-सोर्स हैं और समुदाय द्वारा संचालित हैं।
- हाल के वर्षों में विकास की गति काफी धीमी हो गई है, कुछ मॉड्यूल कम सक्रिय रूप से बनाए रखे जा रहे हैं या अन्य पुस्तकालयों द्वारा प्रतिस्थापित किए जा रहे हैं (उदाहरण के लिए, सामान्य अनुक्रम कार्य के लिए बायोपीथन, सामान्य मशीन लर्निंग के लिए scikit-learn), बायोपीथन की तुलना में समुदाय छोटा है।
इसके लिए सबसे अच्छा:
- अनुक्रम विश्लेषण, फाइलोजेनेटिक्स और माइक्रोबियल कम्युनिटी इकोलॉजी पर काम करने वाले बायोइन्फॉर्मेटिक्स विशेषज्ञ और पारिस्थितिकीविद्, विशेष रूप से वे जो QIIME पारिस्थितिकी तंत्र का उपयोग कर रहे हैं या उसमें योगदान दे रहे हैं।