La homología profunda describe casos en los que características morfológicamente dispares en diferentes especies, consideradas durante mucho tiempo análogas, resultan estar controladas por los mismos genes “herramientas” conservados. Un ejemplo clásico es el gen PAX6, que inicia el desarrollo ocular en especies tan diferentes como los ratones y las moscas de la fruta, a pesar de que sus ojos tienen estructuras muy diferentes y orígenes evolutivos independientes.





