Homologia profunda descreve casos em que características morfologicamente distintas em diferentes espécies, consideradas análogas por muito tempo, são controladas pelo mesmo conjunto de genes conservados. Um exemplo clássico é o gene PAX6, que inicia o desenvolvimento ocular em espécies tão diferentes quanto camundongos e moscas-das-frutas, apesar de seus olhos possuírem estruturas vastamente distintas e origens evolutivas independentes.





