一个开源的、采用 BSD 许可的 Python 包，提供生物信息学的数据结构、算法和教育资源。
Scikit-bio
- Python
- 生物信息学, 数据分析, 生态与可持续性, 数学
- 生物学, 生态, 机器学习, 统计分析, 统计测试
特点
- 序列比对（局部比对、全局比对、Smith-Waterman比对、Needleman-Wunsch比对）、系统发育树构建与操作、多样性计算（α多样性和β多样性）、排序方法（PCoA、RDA）、微生物生态学分析（例如UniFrac）、生物信息学统计方法、生物序列表示、树状数据结构
定价
- 自由的
- 提供一系列核心生物信息学算法和数据结构，适用于微生物生态学和系统发育分析，与 QIIME 集成，开源且由社区驱动。
- 近年来，该库的发展似乎明显放缓，一些模块的维护可能不太积极，或者被其他库（例如，用于通用序列工作的 Biopython，用于通用机器学习的 scikit-learn）所取代，而且与 Biopython 相比，该库的社区规模较小。
最适合：
- 从事序列分析、系统发育和微生物群落生态学研究的生物信息学家和生态学家，特别是那些使用或为 QIIME 生态系统做出贡献的人。