Um pacote Python de código aberto, licenciado sob a licença BSD, que fornece estruturas de dados, algoritmos e recursos educacionais para bioinformática.
Scikit-bio
- Python
- Bioinformática, Análise de Dados, Ecologia e Sustentabilidade, Matemática
- Biologia, Ecologia, Aprendizado de máquina, Análise Estatística, Testes Estatísticos
Características:
- Alinhamento de sequências (local, global, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch), construção e manipulação de árvores filogenéticas, cálculos de diversidade (diversidade alfa e beta), métodos de ordenação (PCoA, RDA), análise de ecologia microbiana (ex.: UniFrac), métodos estatísticos para bioinformática, representação de sequências biológicas, estruturas de dados de árvores
Preços:
- Livre
- Oferece uma gama de algoritmos e estruturas de dados bioinformáticos essenciais, ideais para ecologia microbiana e análise filogenética, integra-se com o QIIME, é de código aberto e desenvolvido pela comunidade.
- O desenvolvimento parece ter diminuído significativamente nos últimos anos, alguns módulos podem estar sendo menos mantidos ou podem ter sido substituídos por outras bibliotecas (por exemplo, Biopython para trabalho geral com sequências, scikit-learn para aprendizado de máquina em geral), e a comunidade é menor em comparação com a do Biopython.
Ideal para:
- Bioinformáticos e ecologistas que trabalham com análise de sequências, filogenética e ecologia de comunidades microbianas, particularmente aqueles que utilizam ou contribuem para o ecossistema QIIME.