Tiefe Homologie beschreibt Fälle, in denen morphologisch unterschiedliche Merkmale verschiedener Arten, die lange als analog galten, von denselben konservierten „Werkzeugkasten“-Genen gesteuert werden. Ein klassisches Beispiel ist das PAX6-Gen, das die Augenentwicklung bei so unterschiedlichen Arten wie Mäusen und Fruchtfliegen initiiert, obwohl deren Augen sehr unterschiedliche Strukturen und unabhängige evolutionäre Ursprünge aufweisen.





