डीप होमोलॉजी उन मामलों का वर्णन करती है जहां विभिन्न प्रजातियों में रूपात्मक रूप से भिन्न विशेषताएं, जिन्हें लंबे समय से समरूप माना जाता था, एक ही संरक्षित 'टूलकिट' जीन द्वारा नियंत्रित पाई जाती हैं। इसका एक उत्कृष्ट उदाहरण PAX6 जीन है, जो चूहों और फल मक्खियों जैसी विभिन्न प्रजातियों में आंखों के विकास को शुरू करता है, भले ही उनकी आंखों की संरचनाएं बहुत अलग हों और उनके विकासवादी उद्भव स्वतंत्र हों।





