مكتبة بايثون كائنية التوجه لتحليل المسارات من عمليات محاكاة الديناميكا الجزيئية (MD) والبيانات الهيكلية.
تحليل MD
- بايثون
- المعلوماتية الحيوية, كيمياء, مواد, تقنيات النانو, محاكاة
- ديناميكيات الموائع الحسابية (CFD), التعلم الآلي, محاكاة, التحليل الإحصائي, الهندسة الإنشائية, التصميم المتمحور حول المستخدم
الميزات:
- قراءة وكتابة تنسيقات مسارات المحاكاة الجزيئية المختلفة (GROMACS، CHARMM، AMBER، LAMMPS، NAMD، XTC، TRR)، لغة اختيار الذرات، التحليل البنيوي (RMSD، نصف قطر الدوران، المسافات، الزوايا)، تحليل المسارات (السلاسل الزمنية، تحليل المكونات الرئيسية)، التوافق مع المكتبات العلمية الأخرى
التسعير:
- حر
- يدعم مجموعة واسعة من تنسيقات MD، وقدرات قوية لاختيار الذرات، وأدوات تحليل شاملة، ومجتمع نشط وتطوير مستمر، وهو مناسب لتحليل المحاكاة المعقدة.
- قد يكون هناك منحنى تعليمي بسبب طبيعته الموجهة للكائنات وواجهة برمجة التطبيقات الواسعة، ويمكن أن يكون الأداء مصدر قلق بالنسبة للمسارات الكبيرة للغاية إذا لم يتم استخدامه بكفاءة.
الأفضل لـ:
- يقوم الكيميائيون الحسابيون والكيميائيون الحيويون والفيزيائيون الحيويون بتحليل البيانات من عمليات محاكاة الديناميكا الجزيئية للجزيئات الحيوية والمواد.
